كانت خسارة المستعمرات أحد أسباب إنهاء الاتحاد مع إسبانيا. صعد جواو الرابع في 1640 إلى عرش البرتغال لتبدأ حرب الاستعادة البرتغالية. أسس التاج الملكي ديوان ما وراء البحار في 1642 حتى قبل انتهاء الحرب، على نموذج ديوان الهند التي لم تدم طويلا (1604-1614) لتصبح الهيئة الحاكمة لإمبراطورية البرتغال وراء البحار باستثناء شمال أفريقيا وماديرا والأزور. اتجهت كافة المراسلات الخاصة بحيازات ما وراء البحار إلى الديوان. عندما هرب الديوان الملكي البرتغالي إلى البرازيل في 1807 بعد غزو نابليون لإيبيريا، أزيلت البرازيل من الديوان. كان الديوان مختصا بالعاملين للهيئة والأمو